朱光祚，字上愚，湖广省荆州府江陵县（今湖北省江陵县）人，进士出身。

万历二十二年湖广乡试举人，二十三年（1595年）中式乙未科三甲二十九名进士。

二十八年任钱塘县知县，改授邯郸县，擢官吏部验封司员外郎，后改考功司员外郎。

万历三十五年，改文选司员外郎，同年升稽勋司郎中。

万历三十九年，担任太常寺少卿。

天启元年（1521年）三月起复太常寺少卿，二年三月，升任大理寺右少卿，四月升太常寺卿，十二月升都察院右副都御史、协理京营戎政。

三年八月升兵部左侍郎，仍旧协理戎政，闰十月升协理戎政左副都御史，加兵部尚书。

四年秋七月升工部尚书、总理河道，五年二月乞休归。

崇祯三年（1630年）十月起复为工部尚书兼都察院右副都御史总理河道，后因黄河连年冲决，直犯泗陵，崇祯十三年（1640年）总督朱光祚、周鼎与刘荣嗣皆被逮入狱。

朱、刘皆毙于狱，周免死遣戍。