钱元悫（16世纪—1645年），字孺愿，湖州府归安县人，明朝、南明政治人物。

钱元悫是万历八年进士钱士完的儿子，于天启五年（1625年）中进士，获授国子博士。

当时魏忠贤势力嚣张，他却能阻止请立嗣太学，并改任武选主事。

崇祯帝继位，他上疏请求诛杀魏忠贤，使其恐惧，党羽吴淳夫、李夔龙、田吉、阮大铖、田尔耕等人自陈去官，自此魏忠贤势力衰败。

次年（1629年）遵化士兵缺乏粮饷而哗变，抚臣无法制止，他奉命宣谕平定，很快改任文选，转为员外郎，请求辞官归乡；不久朝廷召任考功，掌管京察。

其时刑法日益严苛，政府以严酷得以亲近，厂卫恐吓人民获利。

钱元悫因此上疏朝廷应该拒绝私人情面、广阔搜求采集，杜绝匿名帖子，公正审察核实。

很快他因为京察得失朝廷，被下旨苛责，再升为文选郎中。

适逢汝宁、颍州、陈州、许州、凤阳、安庆被入侵缺官，崇祯帝每夜批文要求具疏推补，他能从容处理，再因事连坐降为行人司正，不久再召任尚宝丞。

弘光帝即位，升任他为尚宝卿，晋太仆少卿，与张淳、陈济生同时任命。

钱元悫深沉有智慧，可是性情孤僻，然而志节宏大不可抹杀；南京沦陷后去世，有儿子钱价人。