萧琦（？

—1648年3月10日），字韩若，江西吉安府吉水县人，明朝、南明政治人物。

萧琦原名萧嗣琦，天启七年（1627年）高中江西乡试第二名举人，崇祯十年（1637年）登丁丑科进士，授广东始兴知县，调高要县，兴建阅江楼和诸生讲学，因事连坐罢官。

李邦华、李日宣为他辩护，迁工部都水主事，又谪浙江诸暨知县，案件未留下任何文书。

许都作乱，与陈子龙招降他，转为刑部河南司主事、仪制主事。

隆武年间，杨廷麟命他到广东，他却侵吞事例银数万；除授礼科给事中，住在郝永忠军营内，获推荐担任左佥都御史监督粮饷、恢复国土和剿灭敌匪。

郝永忠索求粮饷，他出力聚敛。

永历帝打算进入土州，萧琦疏上「十方便、十不方便」劝止，擢升为兵部左侍郎。

永历元年（1647年）十一月，代王化澄出任兵部尚书，兼掌都察院，推荐书记刘方夏自中书舍人迁官职方主事。

萧琦本来有民望，注重名节，但到此时是未能保持廉洁；其时国库空虚，卖官取财，积得数万也无济于事。

次年（1648年），永历帝到南宁，萧琦和王化澄、严起恒、马吉翔、庞天寿、许兆进、吴其雷、尹三聘、洪士彭同行。

李成栋反正，他贿赂北镇抚赵元符向罗成耀自荐；陈邦傅掌政，让家丁包围萧琦的船辱骂，将其财产丢到象州水中。

十月，朝廷驻扎韶州，萧琦追问劫饷的人民，被地方民众群殴，受重伤，走到南雄时去世。